1948年3月28日，杨树达在日记中记录，报纸上已经公布了中央研究院首届院士名单，有八十一名著名学者当选为院士，他本人因“继承乾嘉风气，整理古书，研究古文法与古文字学”而荣膺“院士”的称号。4月21日，他收到在京城结识的湖南常德籍好友、同是新晋院士的余嘉锡的来信，告诉他有关院士选举的情况，“兄以声誉卓著，为众望所归，故以二十票顺利通过。而弟则不为人所知，而卒获附骥，盖幸也”。

9月14日，在夫人张家祓和女儿杨德娴、女婿袁久坚的陪同下，杨树达乘坐“达兴号”客轮从长沙出发，经湘江进入洞庭湖，然后顺长江而下，于9月18日抵达南京，暂居于长子杨德洪家中。20日，杨树达到地处鸡鸣寺的中央研究院报到，并会见了中央研究院史语所的傅斯年、劳榦、董同龢等人。23日上午十点，中央研究院成立二十周年暨首届院士会议的开幕式在“中研院”礼堂举行。在大会上，最年长的院士张元济呼吁：“我们要保全我们的国家，要和平；我们要复兴我们的民族，要和平；我们为国家为民族要研究种种的学术，更要和平。”他的讲话引起了与会者的共鸣，获得了阵阵掌声，杨树达更是举双手赞成。这次南京之行，杨树达会见了陈垣、余嘉锡、柳诒徵、萨本栋等老友和周法高、丁声树、夏鼐、王力等年轻一代学人，游览了南京名胜中山陵、玄武湖、莫愁湖，参访了中央博物院、国学图书馆、紫金山天文台等文化科研机构。9月25日，会议闭幕，杨树达随即离开南京。

11月初，杨树达准备入粤执教，便吩咐侄儿杨伯峻购买火车票。当时，杨伯峻应中山大学之聘担任中文系讲师，也准备赴粤，叔侄正好可以同行。11月3日十时，他们从长沙上火车，4日上午十一点三十分抵达广州，然后雇车到达中山大学，住在文明路平山堂中山大学教员宿舍。

杨树达的课程安排在每周的周二和周五，周二是训诂学，周五是文字学。他居住在平山堂，上课的地方在石牌，两个地方相距较远，学校安排通勤车辆接送老师上下班。杨树达日记记载，1月15日，“晨趁（乘）车到石牌试训诂学”；1月19日午饭后，他休息了一会，然后乘车“赴石牌考试古文字学，四时车归”：杨树达在这两天分别参加了学生的训诂学和古文字学期末考试的监考工作。1月23日，早晨起床后，他开始阅卷。在阅卷的过程中，他惊讶地发现有不少雷同卷，训诂学有六份，古文字学有四份。他反思过，他当时监考还是非常严格的，但是这些学生居然在他眼皮底下作弊，他心中产生一种被学生捉弄的不平，不禁感叹学风不正，校风不严，世风日下。